از حدود سال ۱۱۵۰ قمری، مکان ویژه ای برای کتابخانه در نظر گرفته شد؛ اما توجه جدی به جایگاه کتابخانه به اوایل قرن چهاردهم خورشیدی بر می‌گردد. همین امر، سبب شتاب در روند توسعه کتابخانه و اقبال روزافزون پژوهشگران و کتاب خوانان ‌به این نقطه به شمار می رود. اگرچه محل کتابخانه در طول سالیان دراز بارها تغییر یافته؛ اما همواره در جوار مرقد مطهر و داخل حوزه اماکن متبرکه قرار داشته است. ساخت بنای باشکوه کنونی در سال ۱۳۷۲ با مساحت ۲۸ هزار و ۸۰۰ مترمربع زیربنا به پایان رسید و از فروردین ۱۳۷۴ مورد بهره برداری قرار گرفت.

در رأس سازمان، هیئت مدیره و رئیس سازمان قرار دارند. هم اکنون سازمان از سه معاونت (هماهنگی، امور کتابخانه‌های وابسته و موزه ها)، دو مدیریت (مدیریت اسناد و مطبوعات و کتابخانه دیجیتال)، اداره ی امور عمومی، اداره ی روابط عمومی و امور بین الملل، اداره فناوری اطلاعات و چند واحد کارشناسی تشکیل شده است. معاونت هماهنگی و رئیس کتابخانه مرکزی شامل سه اداره است: اداره مخطوطات؛ اداره کتابخانه عمومی؛ اداره خدمات کتابداری و معاونت امور کتابخانه‌های وابسته، شامل دو گروه است: امور کتابخانه‌های شهر مشهد؛ امور کتابخانه‌های شهرستان ها و معاونت امور موزه ها شامل سه اداره است: اداره گنجینه ها؛ اداره حفاظت و مرمت آثار فرهنگی؛ اداره پژوهش و معرفی آثار و مدیریت امور اسناد و مطبوعات، شامل دو گروه است: اسناد؛ مطبوعات. اداره امور عمومی، اداره روابط عمومی و امور بین الملل، مدیریت کتابخانه دیجیتال، اداره فناوری اطلاعات، کارشناسان آموزش، انتشارات، پژوهش، نظارت و بهره وری، سیستم اطلاعات مدیریت، و مدیر اجرایی ‌فصل‌نامه ی پژوهشی کتابداری و اطلاع رسانی و نشریه ی الکترونیکی شمسه، به طور مستقیم زیر نظر رئیس سازمان انجام وظیفه می نمایند.

سازمان کتابخانه ها، موزه ها و مرکز اسناد آستان قدس رضوی در چشم انداز ۲۰ ساله (سال ۱۴۰۴) غنی ترین و فعال ترین مرکز کتابخانه ای، موزه ای و اسنادی در منطقه و جهان اسلام خواهد بود. این سازمان در افق بیست ساله ویژگی های زیر را خواهد داشت: پویا است و همواره تلاش می‌کند در وضعیت عالی تری قرار گیرد؛ در همه ابعاد کیفیت ها مورد توجه خواهد بود چه از جهت نوع منابعی که در اختیار می‌گیرد یا تجهیزات یا برنامه های نرم افزاری و غیره همواره کیفیت عالی را طلب می‌کند و می پذیرد؛ روز آمد است، در رفع نیازهای مراجعان و محققان به روز است؛ در ارائه خدمات رتبه ممتاز دارد، با مدیریت های خلاق و با تدبیر می کوشد بهترین خدمات و تسهیلات را به مراجعان خود ارائه کند؛ از فن آوری های جدید در همه حوزه های فعالیت و تلاش خود بهره می‌گیرد؛ برای تحقق امکانات بالقوه آستان قدس در حوزه کتابخانه، موزه و مرکز اسناد تلاش مستمر و سیستماتیک خواهد داشت؛ با اولویت دادن به کیفیت ها برای پر کردن خلاء های موجود در حوزه کتابخانه بخصوص در مناطقی که آستان قدس دارای موقوفات می‌باشد، در حد امکانات و در چارچوب برنامه های کلی آستان قدس تلاش خواهد نمود؛ موزه های آستان قدس بر محور موجودی خزانه و نذورات نفیس اهدائی و متناسب با موقعیت قدسی آستان مقدس حضرت رضا علیه السلام رشد مستمر کیفی و کمی پیدا کرده و به عنوان الگوهای مورد توجه در خدمت شهروندان و زایران گرامی حضرت رضا علیه‌السلام خواهد بود؛ در گردآوری، سازماندهی و حفاظت فنی از اسناد مرتبط با آستان قدس رضوی، مشهد مقدس ‌و خراسان وضعیت ممتازی خواهد داشت؛ فضاهای متناسب با شأن و موقعیت آستان قدس برای موزه مرکزی و مرکز اسناد مطابق با آخرین استاندارد های علمی و جهانی برای خود تدارک می‌کند.

۲-۲۰ وظایف ادارات، بخش ها و واحدهای مرتبط با فعالیت برون سپاری در سازمان کتابخانه‌ها، موزه ها و مرکز اسناد آستان قدس رضوی

فعالیت ها و وظایف اداره خدمات کتابداری عبارتند از: سفارش، فراهم آوری؛ سازماندهی و طبقه بندی منابع فارسی و عربی؛ سازماندهی و طبقه بندی منابع لاتین، فرانسه و سایر زبان ها؛ سازماندهی وطبقه بندی مواد دیداری و شنیداری؛ سازماندهی و طبقه بندی مواد الکترونیکی و …؛ آماده سازی انواع منابع کتابخانه ای

مهم ترین وظایف اداره مخطوطات عبارتند از: تهیه، نگهداری و فهرست نگاری کتاب های خطی و چاپ‌سنگی، جزوه ها و دست نوشته های خطی؛ تهیه میکروفیلم، لوح فشرده و دیجیتال سازی نسخه های خطی و چاپ‌سنگی و ارائه خدمات به پژوهشگران و نهادهای فرهنگی داخل و خارج از کشور. آمار موجودی اداره ی مخطوطات، عبارت است از: بیش از ۷۵ هزار نسخه خطی؛ بیش از ۴۱ هزار نسخه کتاب چاپ سنگی؛ حدود ۴۷ هزار حلقه میکروفیلم و بیش از ۹۵ هزار نسخه منبع دیجیتال شده خطی که قابل ذکر است کل نسخه های خطی موجود در سازمان با احتساب موجودی اداره مخطوطات و کتابخانه‌های وابسته بیش از ۸۴ هزار نسخه و کتاب های چاپ سنگی نیز بیش از ۴۴ هزار نسخه می‌باشد.

از مهم ترین وظایف اداره حفاظت و مرمت می توان به حفظ و نگهداری آثار تاریخی خزانه و موزه های آستان قدس رضوی به روش علمی و روزآمد، و مرمت و صحافی کتاب های خطی و چاپی، اسناد و مطبوعات سازمان کتابخانه ها، موزه ها و مرکز اسناد آستان قدس رضوی اشاره کرد.

اداره گنجینه ها دارای شانزده گنجینه است و بیش از پنج هزار شیء از اشیاء و آثار فرهنگی و تاریخی در این گنجینه ها به نمایش گذاشته شده است. این شانزده گنجینه عبارتند از: ۱٫ گنجینه قرآن و نفایس ۲٫ گنجینه هدایای مقام معظم رهبری ۳٫ گنجینه فرش ۴٫ گنجینه تاریخ مشهد ۵٫ گنجینه مدال ۶٫ گنجینه هنرهای تجسمی ۷٫ گنجینه آبزیان ۸٫ گنجینه ظروف ۹٫ گنجینه سلاح ۱۰٫ گنجینه مردم شناسی ۱۱٫ گنجینه تمبر ۱۲٫ گنجینه اسکناس ۱۳٫ گنجینه مسکوکات ۱۴٫ گنجینه نجوم ۱۵٫ گنجینه ساعت ۱۶٫ تالار آثار اهدایی استاد فرشچیان

اداره کتابخانه عمومی با یک مخزن اصلی کتاب های چاپی و ۲۱ تالار و کتابخانه ی تخصصی در خدمت پژوهشگران و مراجعان می‌باشد. تعداد کتاب های چاپی موجود در کتابخانه مرکزی، بیش از یک میلیون و ۷۸۰ هزار جلد می‌باشد و تعداد کل اعضاء تا پایان سال ۱۳۹۰، حدود ۱۷۵ هزار نفر بوده است. تعداد کتابخانه‌های وابسته سازمان عبارتند از: ۱۷ کتابخانه در سطح شهر مشهد؛ ۲۱ کتابخانه در سایر شهرها و یک کتابخانه در کشور هندوستان. کتابخانه‌های وابسته در مجموع، دارای ۱۰۹۳۷ نسخه کتاب خطی، حدود یک میلیون و ۴۰۰ هزار نسخه کتاب چاپی و بیش از ۳۲۴ هزار نفر عضو می‌باشند.

فعالیت های اداره پژوهش شامل: تهیه و گردآوری اطلاعات آثار و اشیای موزه ای؛ مستند سازی آثار و اشیاء؛ معرفی آثار و اشیاء می‌باشد.

در کتابخانه دیجیتال حدود ۳ میلیون منبع دیجیتال مطالعاتی در دسترس محققان و دانش پژوهان قرار دارد. اهم وظایف این کتابخانه شامل: ارائه خدمات منابع دیجیتال به صورت محلی و تحت وب؛ فروش منابع دیجیتال(شامل نسخه های خطی، چاپ سنگی، چاپ سربی، سند و…)؛ فروش اشتراکی منابع دیجیتال به سازمان ها و مراکز فرهنگی؛ ارائه منابع اطلاعاتی کمیاب، نایاب و نفیس؛ تولید کتاب الکترونیک می‌باشد.

۲-۲۱ پیمانکاران تأمین کننده خدمات برون سپاری در سازمان کتابخانه ها، موزه ها و مرکز اسناد آستان قدس رضوی

‌بر اساس قراردادهای انعقادی سازمان کتابخانه ها، موزه ها و مرکز اسناد آستان قدس رضوی در سال ۱۳۹۲، هزینه‌ای بالغ بر ۰۰۰/۰۰۰/۰۰۰/۴۰ ریال صرف برون سپاری خدمات در ابعاد گوناگون در این سازمان شده است.